A fundação da ANS aconteceu a partir da regulamentação dos planos privados de assistência à saúde, que antes não havia qualquer padrão de funcionamento. Sendo feita a proteção do interesse público na assistência suplementar à saúde, e equilibrando relações não somente entre operadoras e consumidores, mas também entre operadoras e prestadores.
Algumas das competências dos órgãos vinculados a Agência Nacional de Saúde Suplementar são:
1. Ouvidoria (OUVID): Acompanhar e recomendar correções necessárias ao aprimoramento; encaminhar demandas recebidas aos órgãos competentes; produzir relatórios com críticas; ouvir reclamações de qualquer cidadão relativo a infrações das normas; receber denúncias de violações de direitos individuais ou coletivos; receber demandas dos agentes sujeitos ou não à regulação da ANS; promover a apuração das demandas recebidas, e recomendar a adoção das providências necessárias para manter e garantir o sigilo da fonte e proteção do denunciante, quando for o caso.
2. Auditoria Interna (AUDIT): Examinar a elaboração do Contrato de Gestão, analisando os resultados alcançados e as metas; apoiar e assessorar a gestão orçamentária, financeira, contábil, patrimonial e de recursos humanos; examinar e emitir prévio parecer sobre prestação de contas anual da ANS, avaliar o desempenho dos processos organizacionais, estimulando o aperfeiçoamento contínuo das práticas gerenciais e incentivando a eficiência no uso dos recursos.
3. Compete à Corregedoria (PPCOR): Fiscalizar a legalidade das atividades dos agentes públicos da ANS; apurar irregularidades administrativas cometidas por agentes públicos no exercício de cargo, instaurar procedimentos investigativos e processos disciplinares conforme determinação legal.
4. Procuradoria Federal junto à ANS (PROGE): Representar a ANS em juízo ou fora dele; dar consultoria e assessoria jurídica à Diretoria Colegiada e aos diretores; analisar e examinar previamente as normas legais a serem editadas pela ANS, e dar assistência às diretorias e aos demais órgãos integrantes.
5. Comissão de Ética (CEANS): Atuar como instância consultiva de dirigentes e agentes públicos da ANS; aplicar o Código de Ética da ANS e o Código de Ética Profissional do Servidor Público Civil do Poder Executivo Federal, devendo submeter à Comissão de Ética Pública propostas para seu aperfeiçoamento; esclarecer dúvidas sobre a interpretação de normas e acompanhar e avaliar o desenvolvimento de ações na ANS para divulgações e treinamentos sobre normas de ética e disciplina.
6. Câmara de Saúde Suplementar (CAMSS): Acompanhar a elaboração de políticas no âmbito da saúde suplementar; discutir, analisar e sugerir medidas que possam melhorar as relações entre os diversos segmentos que compõem o setor; colaborar para as discussões e para os resultados das câmaras técnicas; auxiliar a Diretoria Colegiada a aperfeiçoar o mercado de saúde suplementar, proporcionando à ANS condições de exercer, com maior eficiência, sua função de regular as atividades que garantam a assistência suplementar à saúde no país; e indicar representantes para compor grupos técnicos temáticos, sugeridos pela Diretoria Colegiada